台湾当局领导人陈水扁每年有４８００万元（新台币，下同）的“机要费”。２００６年７月２０日，国民党籍“立委”邱毅向媒体出示总金额逾７０万元的８张发票复印件，指称这些发票被陈水扁妻子吴淑珍用来虚报“机要费”，并认为“机要费”的使用隐藏着重大贪腐内幕。陈水扁“机要费”贪腐案由此爆发。

    在岛内舆论的压力下，台湾审计部门开始对“机要费”进行审计，结果发现陈水扁２００５年报销的“机要费”中，约七成七无支出发票或发票不合格，涉及款项超过３６００万元。审计部门以“疑似有不法情形”为由将全案移送台湾高检署侦办。

    ８月１６日，“机要费”贪腐案获重大突破。被指称涉案的李碧君坦承拿过堂妹李慧芬提供的总金额达数百万元的发票，其中的一部分给了吴淑珍。８月２３日，邱毅又揭露，陈水扁的“机要专员”陈镇慧每月都会领出２００万元“机要费”，分配给陈水扁夫妇及女儿陈幸妤、儿子陈致中等人花费，只要消费之后把发票交给陈镇慧，就可以报销。

    在“机要费”贪腐案被揭发后，陈水扁及其办公室多次否认报假账，直到９月５日，陈水扁才首次承认曾以他人的单据及发票来报销“机要费”，但仍然声称自己没有涉嫌不法。

    １１月３日下午，台湾检方宣布结束对“机要费”贪腐案的侦查，认定陈水扁涉嫌贪污和伪造文书，但因其身为台湾当局领导人、享有“刑事豁免权”而暂不予起诉；认定吴淑珍在案件中诈领１４８０多万元，涉嫌贪污和伪造文书，对她提出起诉。原陈水扁办公室主任马永成等其他５名被告，分别依照贪污、伪造文书、伪证等罪嫌提出起诉、缓起诉。